SNU ląstelių linijos epigenetinių modifikatorių tyrimuose

"Cytion" pripažįsta neįkainojamą SNU (Seulo nacionalinio universiteto) ląstelių linijų indėlį į vėžio tyrimus, ypač sparčiai besivystančioje epigenetinių modifikatorių srityje. Šios gerai apibūdintos ląstelių linijos, gautos iš įvairių Korėjos pacientų, sergančių vėžiu, yra labai svarbios priemonės, padedančios suprasti navikų biologiją ir kurti tikslines terapijas Azijos populiacijose.

Įvairūs vėžio modeliai su unikaliais epigenetiniais požymiais

Seulo nacionaliniame universitete sukurtos SNU ląstelių linijos yra įvairialypis daugiau kaip 100 vėžio ląstelių modelių, gautų iš Korėjos pacientų, rinkinys. Skirtingai nuo įprastai naudojamų vakarietiškų linijų, tokių kaip HeLa ląstelės, SNU linijos pasižymi savitomis genetinėmis ir epigenetinėmis savybėmis, ypač svarbiomis Azijos populiacijoms. Jų gerai užfiksuoti epigenetiniai profiliai, įskaitant specifinius DNR metilinimo modelius, histonų modifikacijos požymius ir chromatino prieinamumo kraštovaizdžius, daro jas neįkainojamais epigenetinių tyrimų šaltiniais. Mūsų laboratorija išsamiai charakterizavo šias linijas, atskleisdama vėžiui būdingus epigenetinius pokyčius, kurie yra potencialūs taikiniai epigenetiniams modifikuojantiems vaistams ir biomarkeriams kurti.

Optimalūs epigenetinių modifikatorių tyrimų modeliai

Dėl unikalaus epigenetinio kraštovaizdžio SNU ląstelių linijos yra išskirtiniai modeliai epigenetinių modifikatorių vertinimui. Atlikdami tyrimus, kuriuose AGS ląstelės buvo naudojamos kartu su SNU skrandžio vėžio linijomis, pastebėjome skirtingą reakciją į HDAC inhibitorius, tokius kaip vorinostatas ir panobinostatas. SNU-601 ir SNU-638 pasižymi ypatingu jautrumu DNR metiltransferazės inhibitoriams, o SNU-449 ir SNU-475 kepenų ląstelių linijos rodo skirtingą reakciją į bromodomeno inhibitorius ir EZH2 inhibitorius. Šios skirtingos reakcijos koreliuoja su jų pradine epigenetine būkle, todėl tyrėjai gali nustatyti prognozuojamus terapinio veiksmingumo biomarkerius. Lygindami epigenetinių modifikatorių poveikį SNU linijoms ir mūsų HepG2 ląstelėms, atskleidėme vėžiui būdingus pažeidžiamumus, kurie gali būti pritaikyti tiksliniams gydymo metodams.

Skrandžio vėžio epigenetiniai tyrimai su SNU linijomis

SNU-1, SNU-16 ir SNU-5 dėl gerai apibūdintų molekulinių profilių tapo kertiniais skrandžio vėžio epigenetinių tyrimų modeliais. SNU-1 pasižymi globaliais hipometilinimo modeliais su židinine naviko slopintojų genų hipermetilinimu, o SNU-16 pasižymi FGFR2 amplifikacija ir skirtingais CpG salų metilinimo požymiais. SNU-5 pasižymi unikaliais histonų modifikacijos modeliais, ypač H3K27me3 praturtinimu raidos genų lokusuose. Lygindami šias linijas su mūsų MKN-45 ląstelėmis, tyrėjai gali nustatyti konservatyvius epigenetinius pokyčius, būtinus skrandžio vėžio progresavimui. Šios skrandžio SNU linijos atskleidė kritinius epigenetiniu požiūriu nutildytus genus, įskaitant CDH1, RUNX3 ir MLH1, ir suteikė vertingų įžvalgų apie epigenetinės disreguliacijos vaidmenį skrandžio kancerogenezėje bei galimus epigenetinės terapijos taikinius.

Epigenetiniai hepatocelulinės karcinomos tyrimai su SNU linijomis

Mūsų iš kepenų ląstelių karcinomos išvestos SNU ląstelių linijos (SNU-387, SNU-423 ir SNU-449) demonstruoja skirtingus epigenetinius kraštovaizdžius, labai svarbius kepenų vėžio biologijai suprasti. SNU-387 pasižymi dideliu naviko slopintojų genų DNR hipermetilinimu ir ryškiais chromatino prieinamumo pokyčiais. SNU-423 pasižymi unikaliu histonų acetilinimo profiliu, po HDAC slopinimo pastebimi reikšmingi H3K27 acetilinimo pokyčiai, todėl jis idealiai tinka HepG2 ląstelėms lyginamiesiems epigenetiniams tyrimams. SNU-449, kuriai būdingos p53 mutacijos ir pakitusi EZH2 raiška, pasižymi skirtingomis reakcijomis į histonų metiltransferazės inhibitorius. Šios kepenų vėžio SNU linijos atskleidė svarbiausius epigenetiniu būdu reguliuojamus kelius, kontroliuojančius ląstelių proliferaciją, atsparumą apoptozei ir jautrumą sorafenibui, ir tapo vertingais modeliais kuriant epigenetiniu būdu pagrįstas hepatocelulinės karcinomos gydymo strategijas.

Patvirtinimas ir apibūdinimas siekiant atkuriamų epigenetinių tyrimų

"Cytion" pabrėžiame tinkamo SNU ląstelių linijų patvirtinimo ir apibūdinimo svarbą, kad būtų užtikrinti atkuriami epigenetinių modifikatorių tyrimai. Kiekviena mūsų kolekcijoje esanti SNU linija išsamiai patvirtinama naudojant trumpų tandeminių pasikartojimų (STR) profiliavimą ir mūsų ląstelės linijos autentiškumo patvirtinimo paslaugą " Žmogus", kad būtų patvirtintas genetinis tapatumas. Įprastai tikriname, ar nėra užterštumo mikoplazma, kuri gali labai pakeisti epigenetinius modelius. Be to, reguliariai atliekame epigenetinį profiliavimą, įskaitant genomo DNR metilinimo analizę, pagrindinių histonų modifikacijų ChIP-seq ir chromatino prieinamumo ATAC-seq. Toks išsamus apibūdinimas leidžia mokslininkams pasirinkti tinkamiausius SNU modelius konkretiems epigenetinių modifikatorių tyrimams, nustatyti patikimus bazinius matavimus ir gauti atkuriamus, pritaikomus rezultatus, kurie padeda geriau suprasti vėžio epigenetiką.