Autentifikácia myších bunkových línií (krátke tandemové opakovania (STR))
Vzhľadom na častý výskyt krížovej kontaminácie a nesprávnej identifikácie je pravdivosť buniek používaných vo vedeckých výskumných projektoch hlavným dôvodom na obavy. Odhaduje sa, že približne 15–20 % všetkého výskumu založeného na bunkových líniách pracuje s nesprávne identifikovanými bunkovými líniami. Preto je stanovenie profilu bunkovej línie pomocou STR analýzy kľúčové pre vykonávanie spoľahlivého a opakovateľného výskumu. Okrem toho čoraz viac vedeckých časopisov vyžaduje overenie bunkovej línie pred prijatím článku.
Naše služby zahŕňajú
- Overenie pravosti bunkovej línie
- Porovnanie s online databázami
- Analytickú správu pripravenú na publikovanie
Jednoduché použitie
- Stiahnite si prosím objednávkový formulár na overenie bunkovej línie a vyplnený a vytlačený formulár priložte k zásielke so vzorkami.
- Vzorky nám prosím zašlite v polstrovanej obálke pri izbovej teplote.
- V prípade gDNA nám prosím poskytnite ≥ 50 μl roztoku gDNA s koncentráciou 50 ng/μl v Tris alebo EDTA (10 mM Tris, 0,1 mM EDTA).
- V prípade bunkových peliet nám prosím poskytnite 1,0–5,0 miliónov buniek vo forme bunkovej pelety. Prosím, dvakrát premyte PBS a resuspendujte v 0,5 ml 70–90 % etanolu.
Markery
- Ľudské bunky sa typizujú pomocou systému PowerPlex od spoločnosti Promega s použitím 16 STR markerov.
- Myšie bunky sa typizujú pomocou 18 STR markerov.
- Bunky potkanov sa typizujú pomocou 14 STR markerov a jedného pohlavne špecifického markera.
- Bunky psov sa typizujú pomocou 11 STR markerov.
- Bunky škrečkov sa typizujú pomocou 10 STR markerov.
Výsledky
Výsledky dostanete do 2 týždňov e-mailom. Výsledky obsahujú porovnanie údajov s databázou Cellosaurus. Bunková línia bude klasifikovaná ako overená alebo nesprávne identifikovaná.
Krátke tandemové repetície (STR)
Krátka tandemová repetícia (STR) je motív DNA pozostávajúci z 2 až 13 báz, ktorý sa opakuje až niekoľko stoviek krát. Individuálna variabilita v počte opakovaní v STR vedie k variáciám v dĺžke vytvorených fragmentov pri použití PCR. Bunky sa profilujú pomocou týchto variácií v dĺžkach fragmentov na viacerých lokusoch.
Detekcia zmesí bunkových línií
Je možné identifikovať kontamináciu jednej buneckej línie jednou alebo viacerými ďalšími buneckými líniami až do frekvencie 10 % kontaminujúcej buneckej línie. Kombinácie buneckých línií zvyčajne poskytujú profily STR s tromi alebo viacerými vrcholmi pre jednu alebo viaceré lokusy.